Siempre he hecho esto con una única solución y un único proyecto de C#. Tengo algunas dudas sobre cómo funcionará esto con varios proyectos de C#, modelos, soluciones, etc.
Por ejemplo, si un modelo tiene una dependecia de una DLL, pero se compila antes que se genere la DLL, la compilación fallará. Estoy seguro que hay una forma de resolver estas dependencias igual que la hay para las dependencias entre proyectos de FnO dentro de una solución.
O igual podría intentar compilar todo el código C#/.NET primero, empaquetarlo en un nuget y usar las DLLs más tarde en la build de FnO, algo parecido a lo que explica Paul Heisterkamp en su blog.
De todas formas, es vuestra elección el decidir como gestionar vuestros proyectos de C# y qué solución se ajusta más a vuestra forma de trabajar, pero por lo menos ya tenéis algo por lo que empezar 🙂